La reordenación de las confederaciones hidrográficas persigue la adaptación de estos organismos a la Directiva Marco de Agua de la Unión Europea, y entre las principales novedades destaca que por primera vez se extenderán a las aguas costeras y a las de transición las mismas medidas de protección que se aplican a las continentales.
El Ministerio de Medio Ambiente ha propuesto que las cuencas del Miño-Limia, el Guadiana, el Duero y el Tajo pasen a ser consideradas como parte española de demarcaciones internacionales (en estos casos con Portugal).
La parte española de la Cuenca del Garona y de las demás cuencas que vierten al Océano Atlántico a través de la frontera con Francia quedarían en la Demarcación Hidrográfica del Ebro, salvo las de Nive y Nivelle que pertenecerían a la del Norte.
Las cuencas de Rieras, al sur de la desembocadura del Ebro, seguirían perteneciendo a las Cuencas Internas de Cataluña, ha propuesto el Ejecutivo, que plantea que en futuro existan otras cinco. Son también 'cuencas internas' (aquellas que no afectan al territorio de más de una Comunidad Autónoma) la Gallega, la Vasca, la Andaluza, Islas Baleares y Canarias.
