En Chile, existen grandes diferencias entre cuencas en lo referente a disponibilidad de agua; éstas van desde situaciones extremas de escasez en el desierto a situaciones de abundancia en la zona austral. Además, existe una gran variabilidad en cuanto al suministro en el tiempo, a consecuencia tanto de la variación estacional como interanual. Esto implica una falta de fiabilidad del recurso, lo que supone un importante reto para los gestores del agua, en particular, y para la sociedad en su conjunto.
Además de los problemas relacionados con la cantidad disponible de agua, se presentan problemas relacionados con la calidad del agua. La contaminación de las fuentes constituye uno de los principales problemas que afrontan los usuarios de los recursos hídricos y supone una amenaza para el mantenimiento de los ecosistemas naturales.
En muchas regiones, la disponibilidad de agua, tanto en cantidad como en calidad, se está viendo gravemente afectada por la variabilidad y el cambio climático, con más o menos precipitaciones según las diferentes regiones y una mayor frecuencia de fenómenos atmosféricos extremos. Por otro lado, en algunos casos, la demanda se ve incrementada como resultado del crecimiento de la población y otros cambios demográficos (en particular, la urbanización) y la expansión agrícola e industrial que resultan de la modificación de los patrones de consumo y de producción. Como consecuencia, algunas regiones se encuentran ahora mismo en un permanente estado de niveles de demanda superados y muchas otras regiones lo padecen en momentos críticos del año o en años de escasez de agua.
Ante este complejo escenario, se hace indispensable avanzar en una gestión de cuencas con un enfoque territorial, considerando las particularidades de cada sistema desde un punto de vista que integre aspectos sociales, económicos y ambientales.