El instrumento para la coordinación de las acciones de una organización de GIRH por cuenca es el "Plan Integral de Gestión de las Intervenciones en la Cuenca y sus Recursos Hidricos". Un plan es una estrategia escrita para guiar las intervenciones sobre las fuentes naturales de agua y ecosistemas acuáticos asociados de una cuenca, considerando sus efectos en lo social, ambiental y económico. (Se requiere una gestión "integral" para obtener un "resultado integrado" entre estas metas en cada cuenca).
Para que un plan de GIRH por cuenca (cualquiera que sea el nombre que adopte) sea funcional, se requiere una combinación adecuada de aproximaciones en su elaboración y aplicación. Estas aproximaciones es mejor que provengan de las organizaciones de GIRH por cuencas (equipo técnico y Consejo de RH por cuenca).
El plan debe partir por definir metas claras y factibles y lograr diseñar un escenario deseado (a ser actualizado periódicamente). Con dicho escenario deseado debe comparar la situación actual en la cuenca con la situación deseada. A partir de esta comparación (evaluación) debe diagnosticar por qué no se está en la situación deseada y proponer estrategias para alcanzarla.
El plan debe partir por definir metas claras y factibles y lograr diseñar un escenario deseado (a ser actualizado periódicamente)
En este proceso se debe evaluar, entre otros, el efecto acumulado de las intervenciones en la cuenca (como el efecto de la expansión urbana, construcción de caminos, explotaciones agrícolas y mineras, etc.). Una necesidad es conocer el efecto acumulado de la ocupación del territorio sobre el ciclo hidrológico del agua para proponer medidas para controlar los efectos no deseados.
El plan debe asociar presupuestos y propuestas de acciones locales y de intervenciones externas y estar sujetos a mandatos de revisión de cumplimiento de metas y gastos. Debe considerar la interacción entre las intervenciones en todo el ciclo hidrológico natural terrestre a lo largo de una cuenca con los ciclos hidrológicos antrópicos (urbano, agricola, minero, etc.) que se generan al extraer agua de las fuentes naturales para diferentes usos y destinos.
Debe evaluar tanto el efecto de las intervenciones directamente vinculadas al uso del agua, como las acciones que programan otros sectores, pero tienen influencia sobre el agua (tales como inversión minera, ocupación de márgenes de río, construcción de caminos en la cuenca y otros). Esta interacción debe incluir el estudio de zonas de riesgo para la población, tanto como de riesgo para el ambiente.
Cabe recordar que los planes de GIRH por cuenca son estrategias escritas que guían los pasos a seguir por múltiples actores que comparten los mismos recursos hídricos a lo largo de una cuenca. Por eso su formulación, financiamientos y ejecución deben ser de conocimiento público. Por ese motivo se crearon los denominados "observatoire de bassin versant" en Francia (observatorios de Cuencas) que hacen mucha falta en cada país.