El alto grado de protección del Parque Nacional de Doñana ha permitido conservar una red de hábitats acuáticos única en Europa. La mayoría de los humedales de Doñana son temporales y suelen secarse en verano. Son hábitats característicos de especies raras: especies acuáticas que pueden resistir periodos secos.
Por una parte, está la extensa marisma, que es un importante lugar de invernada y reproducción de multitud de aves acuáticas. Su sustrato arcilloso puede retener temporalmente el agua de las lluvias o la que le aportan arroyos y caños. Por otra parte, la otra mitad de Doñana son arenas muy permeables que no retienen agua, sino que filtran la que aportan las lluvias. A pesar de la alta permeabilidad de las arenas, en esta zona se encuentra un importante sistema de lagunas, que se llenan porque el nivel freático está próximo a la superficie del terreno. Cuando cada año se recarga el acuífero con las lluvias, las aguas subterráneas llegan a alcanzar el fondo de las cubetas lagunares, iniciándose su inundación. En años lluviosos se han contabilizado en el Parque Nacional más de 3.000 lagunas. La mayoría de ellas se consideran hábitats prioritarios de la Unión Europea (lagunas temporales mediterráneas). Este tipo de lagunas suelen ser someras y de pequeño tamaño, por lo que durante mucho tiempo se les ha dado escasa o nula importancia, pero actualmente se protegen al considerarse hábitats de especies singulares. El sistema de lagunas temporales de Doñana es probablemente el más importante de Europa, ya que es un sistema natural con gran abundancia de lagunas y una alta conectividad entre ellas, lo que permite la dispersión de las especies y garantiza una alta riqueza específica.
La mayor amenaza de los humedales de Doñana y su biodiversidad es la desecación, algo que está ocurriendo en la actualidad
Así, en las lagunas de Doñana encontramos una alta diversidad de plantas acuáticas, anfibios, coleópteros, heterópteros, libélulas, microcrustáceos, grandes branquiópodos… y se mantienen además las dos especies de galápagos ibéricos. La gran heterogeneidad de lagunas garantiza la existencia de hábitats apropiados tanto para especies de cortos ciclos de vida como para las que requieren ciclos acuáticos más largos. Asimismo, la existencia de algunas lagunas permanentes incrementa la riqueza del sistema, ya que funcionan como refugio de los insectos dispersantes durante el verano y además albergan otras especies estrictamente acuáticas.
La mayor amenaza de los humedales de Doñana y su biodiversidad es la desecación, algo que está ocurriendo en la actualidad. En los alrededores del Parque Nacional se está produciendo una gran cantidad de extracciones de aguas subterráneas, tanto para abastecimiento de urbanizaciones, como para el riego de extensas áreas de cultivos. Desde hace décadas, se ha producido un gran desarrollo agrícola en el entorno del Parque Nacional que está causado grandes descensos de los niveles de las aguas subterráneas. Se supone que los regadíos deben realizarse con concesiones controladas, pero la realidad es que se detectan multitud de captaciones de agua incontroladas, así como cultivos que invaden los montes públicos. La intensificación de extracciones de aguas del acuífero, junto a la ausencia de años de grandes precipitaciones durante la última década, ha producido un drástico cambio en Doñana. Más de un 60% de las lagunas no se inundan actualmente y están siendo invadidas por matorrales y pinares, por lo que se pueden considerar perdidas o en estado crítico. La marisma también ha reducido los aportes que contribuían a su inundación, y sufre el acortamiento de su periodo de inundación, quedando en verano escasos puntos con agua. Dado que los humedales de Doñana dependen fundamentalmente de las aguas subterráneas, si queremos conservar su riqueza debemos controlar la cantidad de extracciones de agua del acuífero y evitar el incremento de tierras regables. Si no conseguimos revertir la crítica situación actual, es evidente que perderemos la grandeza de Doñana, sus medios acuáticos y la mayoría de las especies que todavía albergan.
