La Comisión insta a España a que cumpla los requisitos de la Directiva 91/271/CEE del Consejo, sobre el tratamiento de las aguas residuales urbanas. Los Estados miembros de la UE deben establecer un tratamiento secundario de todos los vertidos procedentes de aglomeraciones urbanas de más de 2.000 equivalentes habitante, y un tratamiento más avanzado para las aglomeraciones urbanas de más de 10.000 equivalentes habitante en zonas sensibles designadas.
El tratamiento secundario complementa la eliminación de materia sólida procedente de aguas residuales urbanas (el denominado tratamiento primario) con la descomposición de las sustancias orgánicas mediante bacterias. A veces se requiere un tratamiento adicional (terciario) para proteger los medios acuáticos sensibles. El tratamiento terciario puede consistir en la desinfección del efluente sometido a tratamiento para proteger las aguas de baño o de las aguas para cría de moluscos. También puede consistir en la eliminación de fósforo o nitratos (nutrientes presentes en las aguas residuales) para proteger las aguas que se hallen amenazadas por la eutrofización.
Las investigaciones de la Comisión revelaron un incumplimiento generalizado de las obligaciones de la Directiva principalmente en grandes aglomeraciones españolas y, en diciembre de 2016, se envió una carta de emplazamiento. Una evaluación técnica de las respuestas de España muestra que siguen incumpliéndose a gran escala las obligaciones de la Directiva, teniendo en cuenta que 133 aglomeraciones vierten en zonas normales o en zonas sensibles. A pesar de algunos avances, no se prevé que España cumpla plenamente sus obligaciones en un futuro próximo. Por tanto, la Comisión le envía un dictamen motivado y le pide que acelere el cumplimiento. España dispone de dos meses para responder. Si España no actúa en los próximos dos meses, la Comisión podría remitir el asunto al Tribunal de Justicia de la Unión Europea.
