La cuenca de la Muga dispone actualmente de 11 depuradoras, todas ellas en la comarca del Alt Empordà, que tratan un caudal de aguas residuales de 22.500 m3/día (lo que representa el saneamiento de 70.400 habitantes). Esto supone que las depuradoras existentes garantizan el saneamiento de más del 80% de la población de la cuenca.
Desde la entrada en funcionamiento de la primera estación depuradora de aguas residuales en 1981 (planta de La Junquera), la evolución del saneamiento en la cuenca de la Muga ha sido la siguiente.
Al mismo tiempo la Agencia ha llevado a cabo, en la medida en que los diferentes sistemas de saneamiento lo han requerido, las ampliaciones y mejoras oportunas en los últimos años. Así pues, desde el año 1993, en que se amplió la depuradora de Figueras, se han llevado a cabo 2 ampliaciones más (Empuriabrava y la Jonquera).
Evolución cualitativa
Todas estas actuaciones desarrolladas en los últimos 35 años en materia de saneamiento han supuesto la mejora cualitativa de la cuenca, la recuperación de algunas comunidades biológicas (macroinvertebrados y diatomeas) y la reducción del nitrógeno y del fósforo en un porcentaje muy significativo, que ha permitido mejorar el estado ecológico y cualitativo de las masas de agua de la cuenca.
