Algunas de las causas son debidas a graves deficiencias técnicas del proyecto que fueron señaladas por Ecologistas en Acción en las alegaciones presentadas en octubre de 2008, en las que se advertía de que era necesario un redimensionamiento de la balsa de tormentas y observar un sistema de depuración independiente, ya que si se producían tormentas frecuentes, se llegaría a una "situación de riesgo de desbordamiento y contaminación descontrolada". Esta situación comenzó a producirse a finales de junio y principios de julio, durante el traslado de los residuos; las frecuentes tormentas produjeron caudales que el sistema no podía almacenar ni procesar y comenzaron los sucesos de desbordamiento y contaminación que indefectiblemente acabaron afectando al río Gállego.
Ante esta grave y descontrolada situación, en vez de parar cautelarmente los trabajos, se optó por la ocultación y se comenzó a acelerar el proceso de traslado de los residuos pasando por peligrosos incumplimientos de lo establecido en el Proyecto, la Autorización Ambiental Integrada y el Plan de Seguridad y Salud. En el Departamento de Medio Ambiente se tomó la nefasta decisión de que en septiembre el traslado deberían estar finalizado por lo que se ha vulnerado sistemáticamente lo establecido en el proyecto para las secuencias de excavación y conducción de las aguas contaminadas, ya que no había capacidad de depuración provocando inundaciones y escorrentías incontroladas en diferentes zonas de las obras que han contaminado extensas zonas de la ladera derecha del barranco de Bailín, que vierte sus aguas al Gállego. Cada episodio de lluvias produce un lavado del terreno que lleva los contaminantes al río.
El pasado 8 de octubre Ecologistas en Acción formuló una denuncia ante el SEPRONA, al comprobar que se habían realizado unas actuaciones que incitan a la extrañeza porque no tienen una motivación lógica ni se pueden considerar necesarias para los trabajos del traslado de los residuos. Consisten en trabajos de excavación superficial en extensas zonas próximas al vallado, en una de ellas se ha procedido a la evacuación de tierras hacia el barranco de Bailín y al arrastre de las que se encontraban en el interior del recinto a través de una puerta a lo largo del camino restituido que discurre por el exterior del vallado.
Al observar tan extrañas e inexplicables actuaciones, la ONG ha sospechado que estos trabajos podrían estar destinados a ocultar los reiterados episodios de contaminación y ha procedido a tomar alguna muestra de la tierra, que desprendía un penetrante olor que identifican a los residuos de lindano. Todo conduce a tener fundadas sospechas de que se ha tratado de ocultar y destruir pruebas que demuestren que la contaminación del río Gállego se debe a actuaciones improcedentes y a negligencias en los traslados de los residuos.
Las declaraciones vertidas públicamente por el Consejero Lobón y la Directora General de Calidad Ambiental negando taxativamente que el origen de la contaminación del río Gállego tuviera relación con el traslado de los residuos en el vertedero de Bailín, cuando se supone que como máximos responsables deben tener pleno conocimiento de los hechos y la negación de los mismos refuerza la intencionalidad en la ocultación y destrucción premeditada de las pruebas. Seguimos sin saber quien se va a hacer responsable de los desatinos y asumir los costes económicos.
