La remota isla Sombrero es un promontorio rocoso cuya parte superior es plana y que se caracteriza por su topografía kárstica. La escasa vegetación se concentra en su mitad oriental. La isla, que por lo demás es plana, se utilizó para extraer fosfato y actualmente está marcada por cráteres de hasta diez metros de profundidad. Estos cráteres y las oquedades menos profundas que se formaron con el tiempo por el desgaste natural y la erosión (particularmente en la orilla) a menudo forman pozas someras en las que se pueden encontrar bígaros y pequeños peces de arrecife y que sirven de lugares de descanso y alimentación para las aves marinas.
La isla sufrió daños considerables por el huracán Luis en 1995, pero la vegetación se está recuperando y ha vuelto a proporcionar un hábitat importante al lagarto terrestre Ameiva corvina, endémico de la isla Sombrero. Se han documentado más de 40 especies endémicas de insectos. En 2005, la isla fue clasificada como zona de importancia ornitológica (Important Bird Area, o IBA) por su población nidificante de charrán embridado (Sterna anaethetus). También anidan allí el alcatraz pardo (Sula leucogaster), el alcatraz enmascarado (Sula dactylatra) y la tiñosa común (Anous stolidus) en cantidades de ejemplares de importancia internacional.
