La Comisión Europea ha denunciado a Portugal ante el Tribunal por su incumplimiento de la obligación de garantizar que las aguas residuales procedentes de aglomeraciones pequeñas se depuren adecuadamente. La falta de sistemas colectores y de tratamiento adecuados, exigidos por la legislación de la UE para las pequeñas aglomeraciones desde 2005, representa un riesgo para la salud humana, así como para las aguas continentales y el medio marino.
A pesar del progreso positivo realizado desde que la Comisión envió un dictamen motivado a Portugal sobre este tema en 2009, las graves deficiencias actuales han llevado a la Comisión, previa recomendación de Janez Potočnik, Comisario de medio ambiente, a llevar el asunto ante el Tribunal de Justicia de la Unión Europea.
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